Флаг Министерства сельского хозяйства Российской Федерации представляет собой белое прямоугольное полотнище. Сооьтношение сторон 2:3. В крыже флага расположено изображение Государственного флага Российской Федерации. В правой части полотнища находится цветное изображение эмблемы Министерства сельского хозяйства.
Эмблема, в свою очередь, представляет собой щит зеленого цвета, в котором расположено стилизованное изображение колоса, состоящего из семи колосков. Шесть колосков расположены попарно, направлены в разные стороны, а седьмой — вертикально вверху. Колоски слева и верхний — золотистого цвета, а справа: верхний — белого, средний — синего, нижний — красного.